Les cours d’eau font partie d’un cadre physique naturel, qui diffère selon la région traversée. Ce cadre, soumis aux changements globaux, conditionne certaines caractéristiques du cours d’eau, morphologiques et physico-chimiques principalement. La biologie est élément évaluateur de la qualité écologique d’un milieu.
Avec l’évolution des activités humaines perturbatrices et des pratiques agricoles en particulier, les cours d’eau ont subi des modifications directes sur leurs forme physique et donc sur leurs fonctionnements globaux.
Les changements physiques comme le re-calibrage, le curage, le busage, le déplacement complet de cours d’eau ainsi que l’extraction de matériaux ont eu pour conséquence d’entraîner une homogénéisation morphologique des lits mineurs et majeurs, une réduction de la diversité des écoulements et des habitats disponibles conduisant à la diminution de la biodiversité de nos rivières.